Rail Baltica kõikide põhitrassilõikude keskkonnamõju hinnatakse täiendavalt põhiprojekti koostamise käigus, mille mõjude hindamise algatamist taotles RB Rail ASi kohalik filiaal oma initsiatiivil 2019. aasta alguses. Nüüd veidi enam kui kolme aasta pikkuse töö tulemusena on valminud järgmine keskkonnamõjude hindamise aruanne, mis on järjekorras teine. Esimene ehk Rail Baltica Ülemiste–Kangru lõigu KMH aruanne tunnistati nõuetele vastavaks juuli lõpus. Kogu Rail Baltica Eesti trassiosal koostatakse kaheksa keskkonnamõjude hindamise aruannet.