MTÜ-d leidsid halduskohtule esitatud kaebustes, et maakonnaplaneeringud on õigusvastased nii menetluslike rikkumiste tõttu kui ka sisuliselt. Kaebajate hinnangul oleks Rail Balticu jaoks tulnud kasutada olemasolevat raudteetrassi. Nende hinnangul ei selgitatud piisava põhjalikkusega välja trassi asukoha keskkonnaseisundit ja raudtee mõju looduskeskkonnale, sealhulgas kaitstavatele linnuliikidele.
Tallinna Halduskohus ja Tallinna Ringkonnakohus jätsid kaebused rahuldamata. Riigikohus võttis aga 18. detsembri määrusega võttis MTÜ-de kaebused menetlusse.
Samade maakonnaplaneeringute vaidlustamiseks esitatud MTÜ Eesti Geograafia Seltsi kassatsioonkaebuse jättis Riigikohus menetlusse võtmata.