Vabatsooni laiendati Vabariigi Valitsuse 7. veebruari korraldusega nr 50. Muuga sadamast asub nüüd vabatsoonis 464 hektarit, vabatsooni nõuetele vastava piiride kogupikkus on 12,7 km.
Vabatsooni kasutamise peamine eelis on lihtsam tolliformaalsuste teostamise kord. Vabatsoon võimaldab lükata edasi impordimaksude tasumist ja kaubanduspoliitiliste meetmete rakendamist (nt impordi litsentsid) kuni kauba vabasse ringlusse lubamiseni või mõnele muule tolliprotseduurile suunamiseni. Samuti saab vabatsoonis ladustada Eestit transiidina läbivaid Euroopa Ühenduse väliseid kaupu vältides maksude tasumist ning kaubanduspoliitiliste meetmete rakendamist ning rakendada eksporditoetuste alla kuuluva Euroopa Ühenduse kauba suhtes selle vabatsooni toimetamisest tulenevalt kauba ekspordi tolliprotseduuriga kaasnevaid meetmeid (nt eksporditoetuste väljamaksmine).
Edaspidi on peaaegu kogu Muuga sadama territoorium vabatsoon. Korralduse jõustumisega saavad vabatsooni eeliseid kasutada ka need ettevõtjad, kes senini sadama vabatsooni piirist olid välja jäänud.
Muuga vabatsoon tegutseb aastast 1997.