Alates 2012. aastast ühineb lennundussektor ELi heitkogustega kauplemise süsteemiga. Võrdlusaluseid on kaks: esimest kohaldatakse 2012. aasta kauplemisperioodil, teist aga 2013. aasta jaanuaris algaval kauplemisperioodil. Aastatel 2013–2020 eraldatakse lennuettevõtjatele 0,6422 saastekvooti 1000 tonnkilomeetri kohta, 2012. aastal aga 0,6797 saastekvooti tonnkilomeetri kohta.
Kauplemisperioodil 1. jaanuarist 2012 kuni 31. detsembrini 2012 eraldatakse lennuettevõtjatele tasuta 85% saastekvootidest, teisel kauplemisperioodil on tasuta saastekvootide osakaal 82%, ülejäänud 15% saastekvootidest pannakse mõlemal kauplemisperioodil enampakkumisele ning ajavahemikus 2013–2020 kantakse 3% saastekvootidest uute turuletulijate ning kiiresti laienevate lennuettevõtjate jaoks loodud erireservi.
Ametlikult eraldavad tasuta saastekvoote konkreetsetele lennuettevõtjatele liikmesriigid, kes korrutavad iga lennuettevõtja poolt 2010. aasta kohta esitatud tonnkilomeetrite andmed võrdlusalusega.